Это старый вопрос, но я все равно решил ответить на него.
Между этими двумя продуктами существует множество различий в том, как представлены функции, но они имеют почти паритет функций (на самом деле есть много вещей, которые Virtualmin+Webmin может сделать, чего не может сделать cPanel, но они редко влияют на кого-то, в первую очередь управляющего сайтами, я не осведомлен о том, что cPanel/whm может сделать, что Virtualmin+Webmin не может сделать).
Virtualmin Professional включает в себя функцию "Установить сценарии", которая обеспечивает установку более 100 веб-приложений, аналогично инструментам, которые вы упомянули. Поэтому я не думаю, что это можно считать ограничением Virtualmin (хотя Virtualmin GPL включает в себя только очень небольшое количество установочных скриптов, поэтому, если вы сравниваете бесплатный Virtualmin с платным cPanel плюс платным за Fantastico, Virtualmin не будет сравнить как выгодно).
Вот список установочных сценариев, которые в настоящее время включены в Virtualmin Professional: http://www.virtualmin.com/documentation/install-scripts
Новые сценарии периодически добавляются по запросу пользователей, и если они достаточно просты и безопасны для развертывания в среде общего хостинга.
Я сделал сравнительную таблицу много лет назад, которая на данный момент устарела, так как в ней отсутствует обсуждение множества более современных функций, которые были добавлены в Virtualmin и, возможно, cPanel (например, поддержка node.js, облачный сервис). параметры резервного копирования, поддержка nginx и т. д.). Но я считаю, что это все еще верно для функций, которые он охватывает.
http://www.virtualmin.com/compare.html
Отказ от ответственности: я разработчик для Virtualmin и работаю на Virtualmin, Inc.