Во-первых, о скольких пользователях мы говорим?
Как предполагает Arcath, Squid является стандартом де-факто в наши дни для открытых кеширующих прокси. Различные дополнительные пакеты позволяют фильтровать контент, и несколько программ были созданы для создания отчетов о журналах Squid.
Хорошим легким кэширующим прокси-сервером является Polipo. Это не самая модная вещь в мире, но она маленькая, быстрая и должна работать достаточно хорошо для небольшого числа пользователей.
Что касается вашего второго вопроса, функции Squid Squid могут быть использованы для кэширования только определенных сайтов. Я не уверен, почему вы столкнулись с проблемой настройки прокси, но не хотите, чтобы клиенты в полной мере использовали его.
Если вы хотите использовать прокси для обновлений apt, посмотрите на apt-cacher-ng. Я использовал это на своем кластере на работе.
Другие ответы предназначены для HTTP-прокси общего назначения, которые конкретно не знают о файлах Packages.gz, Releases и .deb. apt-cacher-ng использует это для принятия решений о устаревании кэша.
Squid - неплохой прокси, статья в Википедии - хороший ресурс http://en.wikipedia.org/wiki/Squid_%28software%29
Я полагаю, что вы можете использовать дополнение Firefox, FoxyProxy, чтобы заставить Firefox использовать прокси только для определенных доменов.
