Вам нужен инструмент сравнения, который способен различать папки. Я бы сказал, что самым популярным для Windows является WinMerge.
Если вам нужно что-то, что будет работать из командной строки, посмотрите этот ответ.
Обновить
Более конкретный ответ, который настолько быстр, насколько это возможно, а также очень гибок, заключается в использовании версий Cygwin инструментов командной строки Unix:
diff -r dir1 dir2
Если вы хотите использовать буитин, попробуйте COMP:
forfiles /P %folder1Path% /S /C "cmd /c comp /a @path %folder2Path%\@file"
но я предупреждаю вас, что это грязно. С одной стороны, COMP работает только с одной папкой, поэтому вы должны обрабатывать рекурсию самостоятельно (отсюда и длинная строка). Для другого он подскажет после первого сравнения.
Обновление 2
Я не рекомендую делать это, потому что это будет быстрее только в определенных ситуациях. Это также будет неправильно в других. Поскольку вы просили более быструю версию, вы также можете сравнить только контрольную сумму md5 файлов. Вы будете использовать Cygwin для этого:
diff <(sort <(md5deep -r /directory/1/) |cut -f1 -d' ') <(sort <(md5deep -r /directory/2/) |cut -f1 -d' ')
Это будет только сомнительным преимуществом, потому что он будет работать на хост-машине в любом случае, поэтому мы не экономим пропускную способность. Это увеличит загрузку процессора. Если вы сломаете его, вы можете создать md5 для файлов только при сохранении и выполнять эту часть только при необходимости.