Unetbootin может сделать ваш внешний диск загрузочным с определенными ISO-файлами без форматирования диска - он сохраняет все данные и добавляет к нему MBR, а также некоторые распакованные папки и файлы из ISO. Но будьте осторожны, у него есть возможность отформатировать диск, отметьте этот флажок перед нажатием следующей.
Если вы хотите установить Ubuntu обычным способом, чтобы разделить раздел, то вам нужно записать свой ISO на CD/DVD/USB и затем загрузиться с него (вам придется сообщить об этом в BIOS). Если у вас уже был установлен какой-либо дистрибутив linux, вы можете добавить пункт загрузочного меню в GRUB и указать ему запускать определенный образ ISO с определенного диска.
Вы хотите установить Ubuntu в тот же раздел Windows? Потому что с WUBI вы можете установить Ubuntu в раздел Windows вместе с вашей текущей Windows, просто запустив все компоненты из Windows. Смотрите ссылку, которую я поставил на WUBI.