Если вы сначала не создали каталог /data/EPUB то фактически вы переименовали каждый файл по одному в файл с именем /data/EPUB перезаписывая каждый предыдущий файл.
Теперь у вас нет "суперфайла", скорее, /data/EPUB - это конечный файл .epub, который был перемещен, а все остальные файлы .epub были потеряны (так как они были перезаписаны последующими перемещениями). 
Нет простого способа получить их.
Я предлагаю немедленно отключить устройство (если это возможно) и не выполнять дальнейшую запись, а затем использовать программу, такую как TestDisk, чтобы попытаться восстановить перезаписанные файлы (также подробные инструкции здесь).
В будущем я рекомендую использовать mv -i который предложит перезаписать, таким образом, перехватывая любые ошибки, такие как эта.
Я также предлагаю выработать привычку ставить конечные / после имен каталогов, которые также будут отлавливать такие ошибки, если произойдет сбой, если каталог не существует (вместо того, чтобы предполагать, что это файл), например:
find . -iname "*.epub" -exec mv -i {} /data/EPUB/ \;