Если вы хотите закрыть сеанс, отличный от текущего (и, следовательно, сохранить tmux запущенным; закрытие текущего сеанса, как в ответе @ 0xC0000022L, также закроет tmux, даже если доступны другие сеансы), выполните следующие действия в одном из окон tmux:
# tmux ls
keepMe: 1 windows (created Wed Jun 24 14:20:15 2015) [171x41]
otherSession: 1 windows (created Wed Jun 24 14:22:01 2015) [171x41]
3: 1 windows (created Wed Jun 24 14:23:28 2015) [171x41]
(assuming here that you're on keepMe session)
# tmux kill-session -t otherSession
-or-
# tmux kill-session -t 3
При этом удаляется "otherSession" или сеанс № 3, а tmux остается запущенным, если вы не выбрали сеанс "OtherSession" или № 3, когда вы их удалили.