Вопрос слишком широкий, чтобы дать точный ответ, однако, ответ определенно может быть !!
Вы не упомянули, с какой ISO вы будете загружаться. Поскольку мы не знаем, это означает, что ответ «да», он может содержать вредоносный код, который уничтожает данные, у него могут быть законные причины, такие как хранение информации о сеансе или изменения конфигурации. Это может внести полезные изменения в реестр, чтобы исправить проблемы. Так что, как вы можете видеть, он может вносить изменения, хорошие или плохие.
Тот факт, что вы используете его, предполагает, что он, вероятно, исходит из заслуживающего доверия источника, что повышает вероятность того, что он не повредит ваши файлы, но ответ - да, загрузка из ISO может повлиять на файлы. Будет или нет, мы не можем ответить.