У меня была эта проблема некоторое время даже после переустановки. Проблема возникает после переустановки всех моих программ, а не при новой установке Windows (очевидно). Возможно, придется раскрутить виртуальную машину и установить каждую программу 1 на 1. Я подозреваю, что это Git для Windows с мини-оболочкой Cygwin, вызывающей эту проблему.
В любом случае, проблема в том, что нажатие Ctrl-C не останавливает запущенный процесс. Однако, когда я запускаю cmd.exe или Git Bash или администратор, Ctrl-C снова отлично работает. Отключение UAC, кажется, сломало это снова.
Я сделал видео проблемы здесь.
Большое спасибо.