Поместите имена учетных записей, которые вы хотите сохранить, по одному имени в строке, в keepers файлов и запустите:
cut -d: -f1 /etc/passwd | grep -vFf keepers | while read name ; do deluser "$name" ; done
Выше указано использование cut для получения всех текущих имен пользователей из /etc/passwd .  Команда grep -vFf keepers удаляет из этого списка все имена, кроме имен в списке keepers .  Обратите внимание, что есть много системных пользователей, которых вам нужно сохранить, таких как root, daemon, sys, mail, lp и т.д.  Цикл do while удаляет каждое имя.
Делюзер имеет много вариантов.  Смотри man deluser .
Вы можете сделать резервную копию ваших /etc/passwd , /etc/group и других файлов, прежде чем делать это просто для безопасности.
Для осторожного, двухэтапного подхода
Первый шаг создает файл со списком всех учетных записей, которые будут удалены:
cut -d: -f1 /etc/passwd | grep -vFf keepers >goners
Специалисты по goners файлов должны быть тщательно осмотрены, чтобы убедиться, что в них нет важных учетных записей.  При желании его можно отредактировать вручную.  Затем запустите:
while read name ; do deluser "$name" ; done <goners