Фрагментация происходит, когда файл, уже находящийся на диске, изменяется таким образом, что он становится больше, чем был раньше, и ни один файл, размер которого меньше размера вашего кластера, не должен оказаться фрагментированным. Чтобы правильно ответить на ваш вопрос, нам нужно знать размер вашего кластера, процент используемого диска и то, были ли файлы изменены после первоначального выделения дискового пространства.
Операции ввода-вывода для многих небольших файлов по сравнению с несколькими большими файлами намного медленнее из-за всех издержек файловой системы (и времени сканирования / поиска), поэтому, если вы считаете, что производительность снижается, тогда да. это действительно зависит больше от того, получаете ли вы доступ к 5000 из них одновременно или только к нескольким одновременно.
Ext4, в частности, не требует дефрагментации так же, как файловые системы Windows, из-за того, как он выделяет пространство для файлов, поэтому, если ваш раздел не заполнен на 90%, я бы об этом не беспокоился.