Почему FTP? Будет ли такой сервис, как drop.io или box.net или [любой из десятков других сайтов для совместной работы] лучше? Если проблема в больших файлах, то электронная почта, вероятно, ограничит вас больше, чем ограничения сайтов. Хотя я подозреваю, что вы бы предпочли владеть оборудованием.
Вы можете получить эту функциональность с Alfresco или Documentum и некоторой настройкой - но человек, который выглядит как БОЛЬШОЙ молоток для решения этой проблемы.
Я написал Java для извлечения из папки «Входящие» по расписанию и подачи системы ECM; Конечно, то, что вы описываете, может быть сделано аналогичным образом. Но я не думаю, что вы найдете упакованный продукт, чтобы сделать именно это для вас.