Как указал Грэм, ключевым моментом здесь было использование нескольких записей прав доступа для одного и того же пользователя (что я никогда раньше не пробовал):

Разрешения на родительскую папку дают пользователям почти абсолютную свободу вносить любые изменения ... за исключением того, что флажок "удалить" снят, поэтому пользователи не могут случайно удалить / переместить / переименовать эту важную папку:

Переходя ко второму набору разрешений для того же пользователя (который применяется не к самой папке, а к ее содержимому), мы видим точно такие же права, которые были предоставлены пользователю, включая привилегии "удалить".
Таким образом, пользователи могут делать с вложенными папками и файлами все, что пожелают, включая их удаление / перемещение / переименование.

Эта конфигурация позволяет мне защищать ключевые папки, такие как персонализированные целевые каталоги сканирования, которые находятся в личных сетевых папках пользователя. Пользователи могут изменять содержимое (например, удалять PDF-файлы сканов, которые они больше не хотят хранить), но не могут непреднамеренно создавать проблемы для себя, удаляя папку, которую сканер ожидает увидеть при сохранении в сети.
Мне пришлось отключить наследование для специальной папки, так как в противном случае было бы невозможно вносить изменения в разрешения пользователя, которые отличались от корня сетевого ресурса; Однако, все вложенные папки и объекты действительно используют наследование для того , чтобы получить разрешение от их родительской папки.
Как только я понял, что именно нужно сделать, это заняло всего пару минут для настройки каждого пользователя. Теперь я уверен, что ключевые сетевые папки не могут быть случайно удалены пользователями.