Как сказали Ramhound и Techie007 в комментариях, действительно не имеет значения, куда вы их положили ... за некоторыми исключениями.
С любым устройством, которое вы подключаете к компьютеру, внутренним или внешним, просто убедитесь, что оно не препятствует работе или размещению других устройств. Проблемы, которые могут возникнуть, это растяжение кабелей или давление на внутреннюю карту.
Есть и другие вещи, такие как воздушный поток и тепло. Некоторые случаи разработаны, чтобы позволить воздуху течь вдоль определенного пути. Как правило, они принимают во внимание новые диски, но это не повредит проверить.
Другим фактором является звук. В зависимости от того, как изготовлен корпус, размещение диска в одном отсеке над другим может привести к тому, что он будет вибрировать и звучать громче.