Изготовление из Windows
Я пользовался большим успехом, используя YUMI, он приятный и простой, и он поддерживает собственные ISO (хотя обновляйте его для самых новых дистрибутивов).
Вы также можете попробовать SARDU и XBOOT.
Easy2Boot работает как на Windows, так и на Linux. Я не пробовал это все же.
Создание из Linux
Я пробовал многие, к сожалению, большинство из них не так стабильны и хороши, как YUMI.
MultiSystem работает нормально (хотя иногда и глючит), а MultiSystem обладает гораздо большей функциональностью и возможностью настройки (включая постоянные размеры разделов данных). Это также сделано французами, так что вы можете увидеть некоторые подсказки французскими, но вы можете обойтись с помощью значков и в основном локализованного английского интерфейса.
Я также использовал multibootusb simple, работает хорошо, но вам нужно ввести имя файла * .iso, чтобы загрузиться в него (возможно, из-за ошибки / по замыслу?)
Я использовал UNetbootin (доступен из репозитория Ubuntu Universe).
Большинство из этих программ являются интерфейсом Syslinux.
Вы также можете сделать это вручную в Linux: http://www.pendrivelinux.com/boot-multiple-iso-from-usb-via-grub2-using-linux/