На японском и других языках в абзаце нет пробелов. Режим Org интерпретирует это как продолжение описания ссылки, которое портит семантику и форматирование.
Пример:
[[link][いろはに]]ほへと、
Вывод (если в заголовок для LaTeX включен правильный \usepackage{CJK} ) будет содержать ссылку, которая обнуляется вправо, пока не будет найден знак пунктуации.
Что делать?
Одним из обходных путей является изменение экспортера LaTeX на pLaTeX, который разработан для японского языка. Однако это нарушает английский экспорт. Кроме того, это сложно разгадать косметически, так как весь отрывок показан в Emacs как ссылка:
редактировать: XeLaTeX может справиться с этой и другими смешанными проблемами Unicode. Вы можете изменить это в настройке org PDF Export Process.