Мало вещей. Поскольку на одном из этих двух ваш vimrc "работает", это означает, что проблема в другом (я полагаю, на первом все работает удовлетворительно).
Vim может загружать файлы конфигурации из разных каталогов, имеющих разные приоритеты загрузки (одна перезаписывает другую). Смотрите ": помогите vimfiles", чтобы увидеть, какие из них.
Во-вторых, попробуйте ":echo $ myvimrc", чтобы увидеть, откуда загружается ваш "последний" vimrc. Это тот, на который вы сейчас ссылаетесь?
В-третьих, как уже указывал Дэйв, у вас есть файл в каталоге vim, называемый filetype.vim, и у вас есть подходящий файл типа файла?
Если ни один из этих способов не помог вам, сообщите нам также, какую версию vim/gvim вы используете.