Процесс, который вы подробно описали, кажется нормальным.
Я сделал нечто подобное при обновлении Boot Camp с Windows 7 до Windows 8; Я хотел начать все заново, поэтому я сделал резервную копию своих данных, стер раздел и установил Windows 8. Все прошло хорошо: без изменений в моем разделе Mac или что-нибудь еще.
Как уже упоминал Дариус, убедитесь, что вы копируете все, что вам нужно, из раздела Windows, прежде чем уничтожать его.
Если у вас есть второй жесткий диск или место в разделе Mac, возможно, стоит создать полный образ диска, который вы можете смонтировать, если вам нужны какие-либо данные, и удалить его, когда вы знаете, что у вас есть все. Перейдите в Дисковую утилиту, выберите раздел Boot Camp и нажмите "Создать образ" на панели инструментов или нажмите "Файл" → "Создать" → "Образ диска" в "Boot Camp".