Абсолютно да.
(слегка упрощая) Вы можете иметь столько физических дисков, сколько поддерживает ваша машина. Каждый физический диск может иметь один "активный раздел". Когда вы загружаете свою машину, она загружается независимо от того, находится ли загрузчик в активном разделе основного диска.
Менеджер загрузки почти всегда устанавливается с операционной системой (например, NTLDR в Windows XP и ниже, BOOTMGR в Windows Vista и выше, GRUB в Linux).
Большинство из них являются настраиваемыми, и вы можете просто сказать, чтобы он загружался с другого раздела.
Если у вас Windows и вы хотите поэкспериментировать с добавлением возможности загрузки с других разделов, я рекомендую вам взглянуть на EasyBCD (скачать некоммерческую / бесплатную версию).
Если у вас есть более конкретные вопросы, пожалуйста, задавайте, и я буду рад изменить ответ.