Если вы работаете с Subversion, вы не можете просто перемещать файлы, потому что хранилище Subversion не будет знать, что произошло. Что касается хранилища, файлы просто исчезли. Если вы хотите переместить файлы, вы должны сделать это через Subversion; Точная процедура зависит от того, как вы обращаетесь к Subversion (командная строка, TortoiseSVN и т. д.).
Я не думаю, что обновление уничтожит ваши данные, но я бы пока не советовал. Subversion обновит вашу рабочую копию последней версией из репозитория; Я не совсем уверен, что Subversion будет делать с двумя новыми неверсированными файлами. Я догадываюсь, что это не коснется их, но я не уверен.
Лучшее, что вы можете сделать, это, вероятно, переместить файлы обратно в их исходное местоположение, а затем переместить их снова, на этот раз с помощью Subversion. Таким образом, вы сохраняете историю файлов.