В Ubuntu все подключенные USB-накопители находятся в каталоге /media
cp /media/your-usb/file-in-usb ~
Это копирует файл с вашего USB-диска в домашний каталог пользователя, предполагая, что диск называется your-usb
а файл - file-in-usb
.
Я не уверен, почему вам нужны разрешения для копирования с USB на локальный файл. Возможно, у вас нет разрешения на доступ к USB или вы пытаетесь скопировать их в каталог, к которому у вас нет прав. Я бы сделал это, чтобы найти права доступа к файлам на USB-накопителе:
ls -l /media/your-usb/
Опубликуйте результат этого и каталог, в который вы пытаетесь скопировать файлы.
Я не рекомендую запускать файловый менеджер с графическим интерфейсом пользователя с привилегиями суперпользователя, но вот как вы можете запустить Nautilus в режиме root:
gksudo nautilus