Файл .torrent хранит журнал ожидаемых загруженных файлов. Таким образом, либо вы согласны с тем, что есть сейчас, либо создаете новый .torrent-файл с желаемой конфигурацией папки и начинаете заполнение с нуля.
Добавление дополнительной информации, так как могут быть некоторые исключения из вышеперечисленного. Возможно, что клиент Torrent может перезаписать параметры, встроенные в файл .torrent. Но это было бы обременительно, так как вам нужно было бы вручную изменить ссылки, чтобы они соответствовали созданной вами структуре папок.
Можно было бы изменить файл .torrent и (я полагаю на этом этапе) использовать BEncode для чтения и изменения, снова вручную, файлов .torrent.
Решением может быть жесткая ссылка на файлы. Допустим, вы храните файлы в исходном месте. Затем вы можете жестко связать эти файлы со структурой папок по своему вкусу.
Преимущество состоит в том, что единственное, что вам нужно сделать, это связать их (как если бы вы делали ярлыки .lnk), и после этого вы можете использовать файлы в новой структуре папок, как вам нужно.
Таким образом, вы забываете об исходной конфигурации и используете только новую, не влияя на настройки клиента Bittorent. Поскольку жесткие ссылки не являются обычной практикой, я рассмотрю способ сделать это легко из Windows (я полагаю, это ваша ОС). В настоящее время есть эта ссылка на Microsoft Technet и этот пост Serverfault (Как создать символическую (жесткую ссылку) в CMD.exe). Цитирую ответ дано:
На томе NTFS в Windows XP вы можете использовать инструмент "fsutil" для создания жесткой ссылки:
fsutil hardlink create <destination filename> <source filename>
И источник, и пункт назначения должны находиться на одном и том же NTFS-томе.
