Я предполагаю, что вы отформатировали только один раздел, который был создан для вашего загрузочного Ubuntu Desktop.
Для решения этой проблемы вы можете использовать "Управление дисками" (см. Http://pcsupport.about.com/od/windows7/ht/disk-management-windows-7.htm, как найти его), удалить существующие разделы. на свой USB-накопитель и создайте новый, заполнив все пространство.
После этого отформатируйте его в соответствии с потребностями вашей файловой системы.
Осторожно, вся ваша информация, которая до сих пор хранится на USB-диске, будет потеряна.