Вы можете изменить все параметры IIS в командной строке, даже некоторые вещи, которые вы не можете изменить в графическом интерфейсе.
Существуют различные варианты, вы можете использовать appcmd.exe, COM-объекты в ваших сценариях WSH или собственные программы или командлеты PowerShell IIS.
Есть множество примеров, хорошая отправная точка - www.iis.net, у них есть справочный раздел со многими примерами. Вы также можете использовать редактор конфигурации в «Диспетчере IIS», который он предлагает, для создания сценария для любых изменений, которые вы вносите в него. Просто скопируйте скрипт в ваш командный файл.
Чтобы включить ASP.NET, вам может понадобиться
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_regiis.exe -?