Zcat | head: ошибка записи из большого файла gz

Question

Я пытался zcat, чтобы получить только первые 1M строк сжатого файла .gzip в новый.

Однако я получаю следующую ошибку:

$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest
head: write error: Input/output error 

Я почувствовал облегчение, когда нашел эту тему и попытался:

$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq

Но я снова получаю ту же ошибку!

head: write error: Input/output error

Кто-нибудь знает, что может происходить и как это исправить?

Спасибо! Кармен

Редактировать>

По запросу я набрал следующее после получения ошибки

tail /var/log/syslog

и получил

tail: cannot open `/var/log/syslog' for reading: No such file or directory

Answer 1

Пожалуйста, попробуйте опубликовать результаты:

head -n 10 /proc/cpuinfo

echo test | gzip -3 | zcat

echo test > R2.fqtest

Цель здесь состоит в том, чтобы сначала проверить правильность работы head , затем правильную работу zcat , а затем способность успешно писать в R2.fqtest .

Поскольку вы заявляете, что все работает, как ожидалось, до попытки записи в R2.fqtest, который не выдает ошибку, но также не показывает записанные вами данные, есть что-то странное с этим файлом или базовой файловой системой. Другой процесс записывает, блокирует или вращает этот файл? Как выглядит строка fstab для рассматриваемой файловой системы? Можете ли вы размонтировать и fsck рассматриваемой файловой системы? Вы видите ошибки в журналах с физического диска, лежащего в основе этой файловой системы?

Answer 2

Таким образом, оказывается, что это проблема нехватки дискового пространства!

Спасибо, все!

Кармен

Answer 3

это не похоже на проблему с zcat/gunzip. Можете ли вы создать файл и записать в него?

Попробуй это:

hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq