Например, xming (для доступа к приложению Linux/Unix X Window на хосте Windows) я могу выбрать многооконный режим, когда каждое окно Linux отображается как обычное приложение MS Windows:
Но я не знаю, возможно ли это в обратном направлении: приложение MS Windows на X, не ограничивая их областью рабочего стола ...
У rdesktop есть некоторая поддержка запрашиваемой функциональности через SeamlessRDP, но в настоящее время она имеет ограничения (несмотря на то, что для этого также необходимы проприетарные компоненты ...):
Windows 7 and Windows 8 are not supported.