Когда вы запускаете или присоединяете какое-либо приложение с графическим интерфейсом на вкладках ConEmu - весь ввод с клавиатуры (фокус чтения) передается в это дочернее приложение с графическим интерфейсом.
Вот почему Ctrl+Tab не работает в вашем случае - он обрабатывается PuTTY, но не ConEmu.
Но есть способ.
Решение 1
Если вы включили опцию "Установить зацепки клавиатуры" на странице настроек "Элементы управления", горячие клавиши с модификатором Win все еще работают! Даже фокус находится внутри дочернего графического приложения. По умолчанию вы можете использовать Win+Q и Win+Shift+Q для переключения вкладок. Эти горячие клавиши определены на странице настроек "Клавиши и макросы".
Решение 2
Перейдите на страницу «Keys & Macro», найдите строку с описанием "Set focus to ConEmu" и выберите горячую клавишу, например, Win+BackSpace . Обратите внимание, что некоторые комбинации клавиш могут не работать - Windows захватывает много комбинаций.
Таким образом, вы можете нажать Win+BackSpace, когда фокус клавиатуры находится в PuTTY, и после этого должны работать Ctrl+Tab . Вы можете попробовать это с помощью Блокнота - фокус клавиатуры будет более очевидным.