Чтобы ответить на мой собственный вопрос:
Fire Fox:
- Открыл раздел, который раньше был диском C на Windows, и перешел к: Документы и настройки /(пользователь)/ Данные приложения / Mozilla / Firefox / Профили  
- Откройте папку профиля в этом и скопируйте ее содержимое (Ctrl + C) 
- Открыл Firefox. Нажмите Справка, Устранение неполадок, а затем «Открыть папку профиля» 
- Закройте Firefox и дождитесь его полного завершения, прежде чем открыть папку профиля в Firefox и скопировать содержимое папки профиля из Windows в эту, заменив все файлы 
- Открыл firefox, и вуаля, все закладки и даже расширения восстановлены. 
Гугл Хром:
Для Chrome я только скопировал закладки, а не остальную часть профиля, так как я не хотел терять весь свой кеш / куки в Linux и должен снова войти во все. Может быть возможно скопировать весь профиль так же, как для Firefox выше, но я не проверял это.
- Перейдите в Документы и Настройки /(пользователь)/ Локальные настройки / Данные приложения / Google / Chrome / Данные пользователя / По умолчанию 
- Скопируйте файлы «Закладки» и «Закладки.bak» в буфер обмена. 
- Перейдите в /home/(user)/.config/google-chrome/Default 
- Вставьте файл Bookmarks / Bookmarks.bak (это полностью перезапишет ваши резервные копии Google Chrome в Linux с архивами из Windows) 
Готово!
Бонус: FileZilla
- Перейти к: Документы и настройки / Пользователь / Данные приложения / FileZilla 
- Скопируйте содержимое в буфер обмена 
- Перейдите в /home/(user)/.filezilla в Linux 
- Вставьте содержимое более ранней установки FileZilla из Windows. (Это полностью заменит любые новые сайты / настройки / данные, которые вы добавили в Linux, не делайте этого, если у вас нет ничего в вашей установке FileZilla, чего нет также в установке Windows) 
- FileZilla теперь имеет все настройки, сайты в менеджере сайтов и т.д., Которые вы создали в Windows.