У вас есть несколько вариантов, все они описаны здесь: Document and Deploy
Подвести итоги:
- Через Mathematica Player (который вы можете видеть как другой тип Flash Player и, следовательно, является исполняемым файлом, предназначенным для просмотра записных книжек Mathematica).
- Через Language API (который позволяет вам встраивать Mathematica на ваш язык, если есть API для него). Например, J/Link или .Net/link для Java и C # соответственно. Вы можете использовать язык программирования внутри Mathematica или создать приложения на языке программирования, которые используют ядро Mathematica и объекты.)
- Через webMathematica (которая позволяет вам развертываться на веб-серверах и делать вашу работу доступной через браузер, снабженный необходимым плагином)
Там еще пара вариантов. Но они более приближены к вашим требованиям.