Вы также можете монтировать файловые системы Linux через SSH. Это называется SSHFS. Это решение будет предпочтительным, если вы не хотите ничего настраивать на серверах Linux. В Windows есть альтернативные клиенты, как этот. В новых версиях Windows и Linux клиенты Windows иногда ломаются, но вы можете попробовать это в любом случае.
Другой альтернативой, которую вы можете рассмотреть, является настройка аутентификации с открытым ключом, чтобы WinSCP был более интегрирован в вашу среду Windows. Существует руководство для открытого ключа аутентификации здесь. Однако это не дает вам идеальной интеграции, вы не можете видеть удаленную файловую систему в диалоговых окнах "Открыть файл", предоставляемых Windows.