Неплохо практиковать установку виртуальной машины на компьютер для разработки и установку всех необходимых зависимостей вручную. У меня тоже есть такая установка. Мои машины для разработки - это машины для Windows, а все мои серверы - для Linux. Чтобы избежать больших различий между вашей средой разработки и производственной средой, вы можете использовать решение VM для воспроизведения среды, в которой вы собираетесь запускать приложение. Было бы нехорошо, если бы все работало на вашем Mac, только обнаруживать, что оно ломается, когда вы хотите развернуть его. Никто не имеет никакой выгоды от этого. Кроме того, с помощью виртуальной машины вы можете убедиться, что у вас установлены все модули и те же версии, что и в вашей производственной среде, без каких-либо нарушений в вашей операционной системе.
Что касается вашего второго вопроса, вы можете использовать нативные клиенты на машине, например, используя консоль (или даже SSH'ing в поле), а затем использовать инструменты, такие как vim или nano для редактирования ваших файлов. Хотя вы также можете использовать что-то вроде nfs и смонтировать диск вашей виртуальной машины разработки на локальном компьютере. В моей настройке я также использую nfs и samba и я смонтировал каталог DocumentRoot в качестве сетевого диска на моей машине с Windows, чтобы я мог легко получить доступ к файлам. Таким образом, вы также можете использовать редактор на вашем хост-компьютере для изменения файлов в вашей среде разработки. Просто убедитесь, что ваш редактор распознает и сохраняет использованные окончания строк (разрывы). Но, насколько мне известно, Mac OS и Ubutu используют разрывы строк типа "Unix", так что это не должно быть проблемой.
