Файловые системы хранят метаинформацию (информацию о файлах). FAT следует устаревшей структуре, которая была разработана для небольших дисков и памяти. Современные файловые системы могут иметь множество дополнительных функций, резервное копирование структур и дополнительную информацию о самих файлах (например, разрешения).
Размер кластера (размер блока) также является фактором. Это размер единиц, которые могут быть связаны с файлом. Если это, например, 4 КБ, то в среднем теряется 2 КБ на файл, потому что FAT не будет иметь разрешения для обработки деталей меньшего размера. Размер кластера по умолчанию в NTFS может быть меньше, чем в FAT32, что дает вам большую базу данных об этих единицах выделения, которая стоит больше места по сравнению с нераспределенным размером устройства.
Ряд структур выделен по умолчанию, поэтому понятно, что есть разница. Если вы начнете заполнять диск файлами, разница может возрасти еще больше - или NTFS может восполнить это пространство, изначально потерянное, в зависимости от стиля, который вы используете для файловой системы (несколько больших файлов / много маленьких).