Не должно иметь значения с Wubi - он имеет очень легкий след в отношении системы. Он сгенерирует файл изображения для хранения своих файлов и подключит его к собственному загрузчику окна. Установите его везде
Тем не менее, если вы собираетесь использовать отдельный раздел, вы можете также выполнить полную установку Ubuntu, которая, вероятно, будет более надежной, на один из других разделов. Wubi - это что-то вроде хака, предназначенного для случаев, когда перераспределение невозможно. Вы также можете легко получить доступ к диску Linux из Windows, если это файловая система с IFS, например EXT3 или 4, с полной установкой. Вы замените ntldr на grub, но это довольно легко заменить.