Я заметил это с PuTTY даже на Windows 7 и 8 (на настольных ПК с ядром i7). Я использую мониторы с очень высоким разрешением (2560 x 1440), и если окно PuTTY большое и я использую колесо мыши для прокрутки, я вижу перекрашивание. Это очень раздражает.
Я думаю, что это проблема с механизмом композитинга Window в целом. На Mac терминал невероятно плавный и отзывчивый. То же самое в Linux (Ubuntu 13.10) с включенным Compiz (и "шаткими окнами").
Я рассмотрел некоторые альтернативы терминалов SSH для Windows, такие как DameWare и TeraTerm, и с ними тоже довольно похожая история. Моя "теория" заключается в том, что Mac и Linux используют композитинг OpenGL (ускорение GPU), тогда как Windows… ну… не уверен, что он делает, но он не работает так же хорошо.