Предполагая, что вы хотите ZIP-файлы,
cd /mydir/foo
find . -type d -d 1 -exec zip -r {} {} \;
Это создаст zip-файл для каждого каталога в /mydir /foo.
РЕДАКТИРОВАТЬ: что делает эта командная строка (помните, что никогда не копируйте и не вставляйте команду терминала, которую вы не понимаете, это опасно)
find . -type d -d 1 -exec xxx
найдете все предметы внутри. (в нашем случае /mydir /foo), типа d для директории, затем выполните команду xxx
zip -r {} {}
это просто команда zip, (не стесняйтесь добавлять нужные параметры, -r означает рекурсивный), используя в качестве первого (zip-файла) и второго (исходного) аргументов специальную строку {}, которая передается функцией find при каждом совпадении. \; просто терминатор, сообщающий, что команда -exec завершена, правильно экранирована, чтобы не быть неправильно интерпретированной оболочкой