Synergy прекрасно работает на платформе PI с парой исправлений. Для этой ошибки вам необходимо установить пакет libx11-dev, и при установке пакетов вы можете также установить пакеты libxtst-dev & cmake.
Затем в редакторе откройте файл CMakeLists.txt и найдите X11, в итоге вы должны найти следующую строку: set(CMAKE_INCLUDE_PATH "$ {CMAKE_INCLUDE_PATH}:/usr/local/include"), вам нужно изменить эту строку на следующее: установить (CMAKE_INCLUDE_PATH "$ {CMAKE_INCLUDE_PATH}:/usr/include").
Теперь, если вы запустите ./configure, он должен работать нормально. если вы все еще получаете ту же ошибку, вам нужно будет переместить, скопировать, удалить файл кэша CMakeCache.txt.
Оттуда вам должно быть хорошо идти. Это была вся информация, которую я нашел из этого поста http://www.rootusers.com/compiling-synergy-from-source-on-the-raspberry-pi/