Это дополнение к ответу @Dennis от 18:06 30 июля 2012 года.
Он, конечно, обращается к более сложному делу.
В простейшем случае, когда водяной знак представляет собой простой, неукрашенный текст, например
  Смедли для комиссара
несжатые водяные знаки PDF могут быть определены следующим образом:
    BT
    75.96 625 Td
    (Smedley For Commissioner)Tj
    ET
где 75.96 - горизонтальное смещение, а 625 - вертикальное смещение для данного конкретного экземпляра водяного знака.  (Да, можно увидеть как действительные числа, так и целые числа.)
Регулярное выражение, подобное следующему, будет работать для всех таких водяных знаков, игнорируя любые изменения в их размещении:
^BT\n[0-9.]+ [0-9.]+ Td\n\(Smedley For Commissioner\)Tj\nET\n
Имейте в виду, что различные модифицирующие операторы PDF могут вступать в игру с водяными знаками, которые имеют более сложное форматирование.  Такая фантазия может изменить то, что ожидает читатель (надеется?) быть непрерывной, легко ищущейся строкой в кашу из алфавитного супа.  Например,
  E 1 = mc² от Smedley ™
Может быть продуктом этого:
    BT
    75.96 625 Td
    (E)Tj
    -5 Ts
    (1)Tj
    0 Ts
    ( = mc)Tj
    5 Ts
    (2)Tj
    0 Ts
    (by Smedley)Tj
    5 Ts
    (TM)Tj
    0 Ts
    ET
, , , или намного хуже, если ваш водяной знак улучшен по цвету!
Отметив все это, я также отмечу, что PDFtk имеет версию с графическим интерфейсом, которая предназначена для обработки водяных знаков, с учетом лицензионного сбора в 4 доллара.  Не дорогой вообще!
С другой стороны, я считаю, что его веб-сайт в настоящее время рекламирует полную поддержку O/S через Windows 8 и OS X 10.8 Mountain Lion .  Этот винтаж более 4 лет назад.  Может ли PDFtk устареть?  Я подозреваю, что нет, но я не знаю.