У меня была такая же проблема после перехода на Mountain Lion. Я позвонил в Apple, и после того, как мне пришлось пройти через обычную перезагрузку PRAM, я наткнулся на того, у кого были полезные советы. Кажется, проблема исправлена - я не думаю, что проблема повторяется.
Решение состояло в том, чтобы удалить списки для Dock, Finder и Desktop. Я подозреваю, что Dock plist был самым важным, так как это определенно проблема, связанная с Dock. Предположительно в процессе обновления plist был каким-то образом поврежден.
Перечисленные списки можно найти в ~/Library/Preferences. Быстрый способ добраться до папки «Библиотека» в Finder - удерживать «Option», затем выбрать «Go» в меню «Finder» - библиотека будет в списке.
Внутри библиотеки откройте «Настройки» и найдите com.apple.dock.plist - отправьте это в корзину или перетащите на рабочий стол. Два других, которые парень Apple заставил меня удалить, были com.apple.desktop.plist и com.apple.finder.plist.
Теперь выйдите из системы и войдите снова (или выполните killall Dock из терминала) - Dock воссоздаст plist. Расположение Dock теперь вернется к значению по умолчанию - вам придется заново добавлять все приложения, которые у вас были.