Windows (Vista, 7 и 8, в любом случае) обычно пытается создать отдельный раздел для загрузки. И когда это происходит, это почти всегда невидимо для обычных вещей Windows, таких как файловый менеджер.
Как правило, этот загрузочный раздел Windows имеет размер 100MEG, имеет имя тома, называемое "System Reserved", и НЕ имеет буквы диска. Конечно, вы все равно можете установить Windows в один раздел и не идти по этому пути, но вы должны приложить все усилия при установке Windows, чтобы сделать это.
Итак, еще раз взгляните на разделы вашего диска, используя что-то вроде diskmgmt.msc (введите это в вашей панели поиска Windows start orb, чтобы использовать утилиту), чтобы увидеть, нет ли у вас раздела 100Meg "System Reserved". Это немного бессмысленно, но я просто хочу показать, что у вас, вероятно, есть 2 раздела с Windows, а не один.
В любом случае, мы действительно говорим о менеджере загрузки здесь. И если Grub допустит ошибку, то все, что произойдет, это то, что вы не сможете загрузить Windows. Но все ваши вещи должны быть в безопасности и даже доступны. Это все еще довольно ремонтопригодно, но, очевидно, тоже немного PITA. (О единственном "простом" способе, который я нашел, чтобы решить эту проблему, это отформатировать загрузочный раздел или намеренно испортить загрузочный флаг или что-то в этом роде, а затем разрешить восстановление системы Windows на DVD).
Таким образом, короткий ответ, что Grub будет перезаписывать данные, на самом деле не возможен или даже не является проблемой. Конечно, если у вас есть неисправный жесткий диск, на котором был отключен флаг SMART, или даже если данные серьезно фрагментированы, то это другой вопрос. Только не усугубляйте ситуацию, настраивая разделы или особенно их форматируя.
И если говорить о том, что ... Я надеюсь , что вы дефрагментацию раздела Windows (ов) под собственной силой , прежде чем использовать инструмент Linux , как GParted. Отсутствие дефрагментации перед сжатием раздела или его корректировка может привести к возникновению новых проблем. (Значит, нельзя сказать, что я тебя не предупреждал.)