"Плохие сектора" - это проблемы с оборудованием, а не с программным обеспечением. Практически любое программное обеспечение для обработки изображений игнорирует эти сектора, поскольку ОС помечает их как нечитаемые. Более важный вопрос: если у вас плохие сектора, почему они существуют и сколько времени у вас есть до полного отказа диска?
В прошлом я использовал DriveImageXML для создания резервных образов моих дисков, но никогда для прямого восстановления, как вы описали, - просто для отражения вашего старого диска на новое оборудование. Вам нужно будет использовать какой-то инструмент, который клонирует диск, когда он не используется. Если вы используете Linux LiveCD, GParted может клонировать раздел между дисками. Упомянутый dd_rescue также является достойным выбором.
Однако прежде чем вы сделаете это, я бы позаботился о том, чтобы ваши резервные копии были в хорошем состоянии. В конечном счете, образ может потерпеть неудачу, и, если это произойдет, наличие хороших резервных копий - это разница между необходимостью переустановить вашу ОС (но в остальном все в порядке) и необходимостью восстановить все данные вашей жизни.