Я использую программу Allway Sync, которая позволит вам сделать это. Это бесплатно с ограничением 40000 файлов, которые будут синхронизироваться каждые 30 дней. Обновление до профессиональной лицензии обходится не слишком дорого ($ 19,95 с предложением сегодня), что снимает ограничение.
Это позволяет синхронизировать несколько мест одновременно, и есть множество вариантов для автоматизации. Он также поддерживает множество популярных облачных сервисов из коробки (Amazon S3, OffsiteBox, Google Docs, SkyDrive, iKeepinCloud, Dropbox), а также может загружать их на FTP-сервер.
Если вы хотите использовать его для резервного копирования файлов, у него также есть возможность сохранить определенное количество предыдущих версий файлов.
Другим программным обеспечением, которое вы, возможно, захотите посмотреть, является абсолютно бесплатным - это SyncToy от Microsoft, который, я уверен, вы могли бы немного поработать.
Я использовал Allway Sync последние несколько лет, и он работает отлично, поэтому я рекомендую это. Я уверен, что это будет делать то, что вам нужно.