Я помню, что для GNU/Linux существует утилита, которая для некоторого каталога создает ту же иерархию каталогов, но со всеми обычными файлами, заменяемыми символическими ссылками на соответствующие.
Я не могу вспомнить его имя.
Да, я знаю, что это простой урок в программировании оболочки, но нет причин изобретать велосипед.