Комментарии в файле prefs.js:
# Mozilla User Preferences
/* Do not edit this file.
*
* If you make changes to this file while the application is running,
* the changes will be overwritten when the application exits.
*
* To make a manual change to preferences, you can visit the URL about:config
* For more information, see http://www.mozilla.org/unix/customizing.html#prefs
*/
Тем не менее, вы должны иметь возможность редактировать файл с закрытым приложением, и новые настройки вступят в силу после его запуска.
Однако, в зависимости от того, какие параметры вы хотите изменить: я не верю, что параметры реестра или командной строки приведут вас к тем же настройкам. Настройки реестра более специфичны для системы, а не для пользователя; а параметры командной строки предоставят вам конкретные переключатели экземпляров для приложения, такие как размер окна и какие профили загружать и т. д.
Если вы знаете конкретную настройку, которую хотите изменить, вы можете найти ее в файле prefs.js с помощью регулярного выражения (я бы выбрал VBScript), записать новый файл с настройкой замены, а затем переименовать / удалить файлы, чтобы новый prefs.js заменяет предыдущий.