Я бы попробовал stty -a в Терминале, посмотреть, на что нанесены ваши символы. Убедитесь, что susp (suspend) сопоставлен с Ctrl-Z (^ Z) и intr (interrupt) с ^ C. 
У вас есть какие-нибудь программы, которые могут «украсть» нажатие клавиши? Может быть, somecoolapp использует Ctrl-Z, чтобы отправить зебру Twitpic куда-нибудь.
Помните, что Ctrl-C закроет ваше окно, если все процессы под ним исчезнут. Я не знаю, как вы запускаете ваше приложение, но если оно заменяет bash с помощью exec, то «Ctrl-C закрывает окно» имеет больше смысла. Ctrl-C закрывает приложение переднего плана, которое является единственным запущенным приложением, которое закрывает окно. 
Чтобы приостановить процесс, вы можете использовать другое окно терминала для отправки сигнала. Найдите идентификатор процесса с помощью Activity Monitor или команды ps , а в другом окне введите kill -STOP <processid> . К сожалению, Activity Monitor, похоже, не позволяет отправлять какой-либо сигнал, а SIGSTOP и SIGCONT отсутствуют в списке (по крайней мере, для Snow Leopard, что я и могу проверить).