Ни FTP, ни VPN, ни SFTP не будут работать быстрее, чем другие на больших файлах. SFTP/VPN будет шифроваться дважды, поэтому будет стоить больше ресурсов - но, скорее всего, пропускная способность ограничена, поэтому дополнительные затраты на ЦП, вероятно, не замедляют весь процесс.
Как SFTP, так и VPN имеют более простые способы: с SFTP у вас есть один инструмент, от которого вы можете зависеть, и прямой видимость каждой ошибки в отправителе. Это облегчает отладку, диагностику проблем и выдачу хороших отчетов об ошибках.
С другой стороны, VPN означает, что вы можете делегировать проблему "надежной безопасности" чему-то другому, нежели вашему инструменту передачи данных, так что уменьшите накладные расходы, если ваши требования изменятся, и, возможно, более надежный транспорт, если вы используете, например, хорошо протестированный аппаратное решение.
Другим возможным отличием является сжатие: SFTP может сжимать данные при передаче, поэтому, если ваша VPN этого не делает, это может помочь ускорить общую передачу ... или нет. Если оба сжимают, и вы транспортируете одинаковые, но разные файлы, SFTP потеряет в компрессоре состояние, которое может сохранить VPN, поэтому вы можете увидеть лучшие результаты там - но я думаю, что вряд ли они будут статистически значимыми в долгосрочной перспективе.
Обычно я считаю простоту лучшим выбором, и мне кажется, что один инструмент проще, если у вас нет ИТ-отдела, который собирается взять на себя всю ответственность за VPN. Вы можете взвесить эти факторы по-разному.