Вы можете сделать это из gnuplot, хотя может быть проще предварительно обработать ваши данные извне.
Фактически это очень похоже на внешнюю предварительную обработку данных с помощью некоторого сценария, который берет ваши данные и записывает объединенные данные в стандартный вывод. Синтаксис использования канала в gnuplot:
plot " < program arguments"
Я обычно использую AWK для таких целей. Чтобы решить вашу проблему, сценарий предварительной обработки должен как-то внутренне объединить два набора данных, а затем вычислить нужные значения. В AWK я бы сделал что-то вроде этого:
{
if(secondfile)
print $1, $2, values[$1,$2]/$3
else
values[$1,$2]=$3
}
ENDFILE{secondfile=true}
Значения из первого файла сохраняются в массиве значений (secondfile равен false). Шаблон ENDFILE запускается в конце любого (здесь: первый) файла и переключает поведение основного правила на вывод координат x и y и разделенных значений (при условии, что у вас есть формат данных столбцов "xy value"). Хук ENDFILE поддерживается в текущем GAWK 4.0.
Окончательная команда сюжета может выглядеть так
plot "< awk '{if(secondfile) print $1, $2, values[$1,$2]/$3 ; else values[$1,$2]=$3} ENDFILE{secondfile=true}' file1 file2" using 1:2:3
(Я не до конца понял, как вы хотите вычислить величины, но вы можете сделать это аналогичным образом)