Правильный способ для текстового редактора обновить (сохранить) файл - создать новый файл в том же каталоге с временным именем, записать туда новое содержимое, а затем удалить старый файл и переименовать новый в его настоящее имя.
Обоснование: если вы перезаписываете файл на месте, любой катастрофический сбой (потеря питания, неисправный сектор на диске и т.д.) Может привести к повреждению этого файла или его частичной записи. Поэтому любой вменяемый редактор не делает записи на месте. Я довольно удивлен, что NetBeans делал это в старых версиях.
Конечно, этот метод удаления / переименования не учитывает вашу жесткую ссылку, и поиск по всему диску других жестких ссылок на файл не возможен, поэтому никакой редактор не делает этого.
Я не думаю, что вы можете получить старое поведение, и даже если бы вы могли, это довольно плохая идея. Если вы не можете переключиться на мягкие ссылки (на которые эта проблема не влияет), я полагаю, вам придется искать какой-то другой способ сделать то, что вы делаете.