С какой другой ОС у вас двойная загрузка? Вам понадобится загрузчик для переключения - который, я думаю, вы уже используете. Что-то вроде grub должно делать это, если нет ...
Загрузчик будет искать информацию о файловой системе с внешнего диска, очевидно, без подключения он не сможет ее найти, поэтому любые дополнительные флаги или опции в конкретном загрузчике сообщают ему, что файловая система удаляема. Возможно, вам даже придется иметь некоторые базовые системные файлы на вашем несъемном диске, чтобы он частично загружался, прежде чем продолжить с удалаемого диска.
Мой опыт является базовым, когда дело доходит до съемных дисков - у меня есть резервный сервер под управлением Ubuntu со съемным диском, но он не поддерживает двойной загрузки. :)