Я использую передачу, и если я забываю выйти из системы перед тем, как выключить компьютер, он проверяет торренты при запуске, как когда я его убиваю.
Я не знаю, где проблема в конфигурации Debian, GNOME или Transmission. Я использую передачу как пользователь, а не через демон.