Есть ли какой-либо стандартный способ хранения метаданных (например, меток времени) внутри ZIP-файлов вместе с файлами?
Какую программу мне нужно будет использовать для этого?
Да. Это называется "Extra" поле
Многие разные программы используют это поле в своих целях; мы не можем рекомендовать один, если мы не знаем, какие у вас цели.
Java JAR-манифест - это файл метаданных, а JAR-файл - это специальная форма ZIP-файла. По сути, вы можете поместить любой файл в ZIP-файл и назвать его "метаданными".
Вы всегда можете обернуть XML-файл вокруг zip-файла, который включает метаданные и путь к zip-файлу, дать ему собственное расширение и написать обработчик по умолчанию для вашего нового расширения, который получает метаданные, а затем открывает zip-архив.