Как указывает jcrawfordor, это потому, что Java-программы запускаются "Java для Windows". (Javaw.exe)
Я выкопал обходной путь - адаптировано отсюда:
(У меня не установлен Eclipse.exe в настоящее время, поэтому я предполагаю имя файла Eclipse в примерах и не проверял это лично. :))
- Перейдите в каталог Java в Program Files.
- Сделайте копию файла 'javaw.exe' и переименуйте его в название программы (т.е. Eclipse.exe).
- Создайте новый ярлык для нового файла плюс параметр (который будет местоположением файла JAR вашей программы)
"C:\Program Files\Java\jre6\bin\Eclipse.exe" -Xmx512m -jar "[Eclipse's Path]\Eclipse.jar"
- Щелкните правой кнопкой мыши значок, и в его свойствах выберите "Изменить значок" и выберите значок вашего Eclipse (чтобы использовать вместо значка Java).
- Щелкните правой кнопкой мыши по ярлыку и выберите "Прикрепить к панели задач".
Теперь у вас должен быть значок вашей программы на панели задач, и если вы открыли его, он не будет дублироваться.